Secara umum Kabupaten Kapuas Hulu merupakan daerah dataran rendah serta daerah danau dan rawa yang berair. Kabupaten Kapuas Hulu terdapat beberapa aliran sungai yang memanjang hingga ke timur Provinsi Kalimantan Barat seperti Sungai Kapuas yang memiliki beberapa anak sungai yang berada di Kabupaten Kapuas Hulu diantaranya seperti Sungai Embaloh, yang berhulu di bagian utara, Sungai Mandai, selain itu terdapat 8 anak sungai lainnya yang penting di mana peranannya sangat berpengaruh dalam memenuhi kebutuhan akomodasi transportasi penumpang dan barang dari kabupaten ke kota dan kecamatan. Dataran-dataran di sekitar perbatasan DAS ini dianggap sebagai suatu zona sumber batubara dan minyak bumi. Pertanian yang agak menetap dilakukan secara intensif di dataran-dataran sungai yang sempit, sedangkan peladang yang biasa berpindah-pindah telah mempengaruhi banyak dataran pinggiran Daerah Aliran Sungai ini.

Kabupaten Kapuas Hulu merupakan daerah yang sering terjadi banjir musiman ketinggian banjir dapat mencapai 2 meter bahkan lebih. Morfologi Kapuas Hulu umumnya berbentuk wajan (kuali) yang terdiri dari daratan rendah atau cekungan yang terendam air serta daerah danau rawa-rawa yang berair cukup dalam. Pada dataran rendah ini terdapat Ibukota Kecamatan yang penduduknya relative ramai, dataran rendah ini berada pada ketinggian 31-46 mdpl. Sedangkan pada dataran tinggi/miring umumnya terdapat rawa-rawa yang memanjang tetapi sempit dan dikelilingi oleh bukit-bukit kecil. Dataran ini termasuk kategori yang biasa digenangi air pada waktu-waktu tertentu, terutama pada saat curah hujan yang cukup tinggi. Dataran tinggi/miring ini terletak pada ketinggian 4.761 mdpl.

Sebagian besar wilayah Kapuas Hulu memiliki ketinggian antara 25 sampai 500 meter, sehingga tanaman yang banyak tumbuh di wilayah ini adalah tanaman-tanaman dataran rendah sub tropis dan tropis. Sebagian besar daerah dengan ketinggian di atas 500 meter terdapat di Pegunungan Kapuas Hulu di sebelah Utara dan bagian paling Timur Kabupaten Kapuas Hulu yang melingkar sampai ke Pengunungan Muller dekat perbatasan dengan Kalimantan Tengah. Daerah-daerah lembah dan lereng Pegunungan Kapuas Hulu dan Pegunungan Muller umumnya memiliki ketinggian antara 100-500 meter. Sebagian kecil daerah perbukitan di sebelah Utara dan Timur gugusan Danau Luar di Kecamatan Batang Lupar juga memiliki ketinggian antara 100-500 meter

Wilayah Kabupaten Kapuas Hulu keadaan topografinya bervariasi dari sistem dataran alluvial, perbukitan sampai pegunungan. Bentuk permukaan lahan datar seluas 798.240 Ha dengan kemiringan 0% - 2% umumnya berada di wilayah dataran rawa daerah aliran Sungai Kapuas, sedangkan lahan yang tersebar di daerah-daerah kaki perbukitan di Kecamatan Selimbau, Badau, Kecamatan Batang Lupar, Jongkong, Hulu Gurung, Pengkadan dan Empanang bagian Utara. mempunyai kemiringan 2% - 15%. Sementara daerah kaki Pegunungan Muller dan Pegunungan Kapuas Hulu serta di lembah Sungai Embaloh, Manday, Sibau dan lain-lain yang merupakan daerah sisanya mempunyai kemiringan 15% - 40%.