Secara umum, pencemaran yang terjadi di perairan sungai Kapuas tidak terlalu berat karena pencemaran sebagian besar berasal dari limbah rumah tangga. Akan tetapi, di sungai-sungai tertentu yang terdapat kegiatan pertambangan rakyat menyebabkan terjadinya pendangkalan, air sungai menjadi keruh dan tercemarnya sungai oleh limbah bahan kimia. Kondisi ini selain telah meresahkan masyarakat juga dikhawatirkan dapat membahayakan kehidupan hayati di dalam air.

Bentuk pencemaran lain yang juga sering terjadi, seperti pengikisan lapisan tanah di daerah aliran sungai sewaktu musim hujan dan terjadinya endapan-endapan lumpur serta pasir di sungai sehingga terjadi pendangkalan.

Banyaknya aliran sungai yang ada di Kabupaten Kapuas Hulu, berakibat adanya beberapa kawasan yang rawan terhadap genangan dan banjir musiman. Penggenangan merupakan bahaya utama karena daerah ini merupakan dataran endapan. Banjir yang terjadi di daerah ini minimal setahun sekali yang mengakibatkan terganggunya serta memusnahkan kegiatan pertanian penduduk terutama yang terletak pada dataran rawan banjir, disamping itu dapat juga mengganggu jalur transportasi terutama jalur lalu lintas di Ibukota Kabupaten.

Banjir yang terjadi di Kabupaten Kapuas Hulu khususnya di Kota Putussibau disebabkan adanya pertemuan antara sungai Kapuas dengan Sungai Sibau, bila curah hujan di daerah perhuluan meningkat maka debit air menjadi meningkat akibatnya kedua sungai tersebut menjadi meluap sehingga genangan air di Kota Putussibau dan sekitarnya menjadi tertahan 2 hingga 5 hari. Menurut data yang ada beberapa tahun terakhir ini waktu dan frekuensi banjir semakin meningkat hal ini disebabkan pendangkalan sungai yang semakin intensif.